围绕“没有检察参与的国家侦查系统”是否合理的争论预计将愈演愈烈。面对执政党设立重大犯罪调查厅剥夺检察机关侦查权的做法，检察总长尹锡悦正面举起了反对大旗。
剥夺检察侦查权的措施与执政党主导的检警侦查权调整、设立高级公职人员犯罪调查处(公调处)等削弱检察权力的方案可谓不是一个等级的举措。这一措施一旦落实，检察机关就会被剥夺针对六大类犯罪的直接侦查权，沦为只保留公诉权的司法机关。也就是说，检察机关面临着生死存亡的危急。
执政党坚称这是正确的改革方向，主张此举旨在解决检察滥用职权等问题，旨在分散权力，实现权力的制约与平衡，保障侦查过程的公平性，提高可信度。
然而，尹锡悦总长在接受《中央日报》等媒体采访时则对这一做法表示担忧。他认为，针对重大案件，只有侦查权和起诉权掌握在同一个机关手中，才能有效对嫌疑人进行处罚、作出有罪判决。他表示，“检察院为清除大恶而负责调查的少数案件非常困难，查案难度高，缺少法庭经验的人很难处理”。
执政党主张，重大犯罪调查厅、高级公职人员犯罪调查处、警察厅国家侦查总部等“替代部门”完全可以做好相关侦查工作，但尹锡悦总长似乎对此有着不同看法。尹总长表示，“(如果缺乏维持公诉的经验)往往会对最终难以处罚或者法院很难做出有罪判决的事件展开不必要的调查，这一过程很容易侵害人权”，担心缺乏经验的新生侦查机关莽撞展开侦查工作。他还表示，“并无实证结果显示警察能够独立展开侦查工作或检察介入会妨害侦查”。
尹锡悦总长的核心观点是，“没有检察参与的侦查系统”最终会导致国家层面的侦查能力受到削弱，使一些大的权力型腐败分子逃脱惩罚，使国民蒙受损失。他表示，“(只要能保留检察机关的侦查权)那可以把负责初步侦查的部门独立出去，使其不在检察总长管理之下直接隶属于法务部”，并强调自己提出这一观点并非出自功利目的。
一位曾担任大检察厅重案部长的前高级检察官表示，“尹总长是在质问，剥夺检察的侦查权真的能够有利于国民吗”，“他这样说是为了明确表示，自己反对设立重大犯罪调查厅不是为了保留总长的权力，也不是出自检察机关利己主义的考虑”。
