青瓦台打破了其间对于天主教正义具现神父团问题一律不回应的立场。一开始青瓦台担心事情会发展成与宗教界的矛盾，但是他们决定在时局弥撒中要求执政党下台后，青瓦台立即表示“敦促国民选出的总统下台，这并不是在（为国家）祈祷”，之后朴昌新（音）神父发表了延坪岛炮击言论，青瓦台也立即进行了更为强烈的批判。 　

青瓦台宣传首席秘书官李贞铉在朴神父发言的第二天，即11月23日会见了记者，他表示“真怀疑那些人到底是哪国人”，“如果地基不稳，怎能在上面修建好房子呢？”

青瓦台正在密切关注天主教正义具现神父团的突发性发言是否与国内亲朝势力问题有关。另一名青瓦台核心负责人表示“怎么能在延坪岛3周年（23日）的前一天举行活动进行那样的发言呢？”，“看看他们对于天安舰或北方界线（NLL）问题等的发言，他们到底与统合进步党势力等的亲朝发言有什么不同？”。这一质问是针对1989年与当时还是大学生的林琇卿（现任民主党议员）一起擅自越北后因违反《国家安全法》而受到处罚的文奎铉神父等部分弥撒参与者。但是，青瓦台把神父团和天主教官方教区分开应对。青瓦台核心负责人表示“部分人士说的就好像青瓦台和天主教之间关系不好一样，事实并非如此”，“发生了这样的事情，天主教主教们反而非常担忧，担心会被误以为是整个天主教的立场”。

国防部也罕见地发布了官方立场资料，强烈批判了朴神父的发言。国防部在以金珉奭发言人为名义发表的资料中表示“最近部分团体的发言给朝鲜挑衅提供了正当性，不仅会让国家安全意识及军队士气受损，还会给我国国民的NLL保护意志造成恶劣影响”，“这是侮辱为国家安保献身的士兵、国民牺牲者以及遗属们的非理性行为，坚决不能容忍”。同时国防部还反驳道“NLL以南的射击训练是为了保护大韩民国领海的正当防御训练”。