10月3日证实，在2008年被带到烽下村后重新返还的青瓦台电算管理系统“烽下e-知园”中，除了韩朝首脑会谈会议录（NLL对话录）的草本之外，还发现了其他文件被删除的痕迹。首尔中央地方检察院公安2部（部长 金广洙）在烽下e-知园系统内发现了文件被删除的痕迹，正在进行数据恢复，同时还在检测是否还有其他文件被删除。据悉，在恢复被删除文件的过程中发现，除了首脑会谈相关资料外，还有100余个与国内政治有关的文件。

青瓦台e-知园是2005年由参与政府（卢武铉政府）开发的文件记录系统，甚至还以已故卢武铉前总统等5人的名义申请了专利。每次有人质疑会议录曾被删除时，卢武铉政府方面的人士都主张“系统本身根本不能进行删除操作”。　

但随着检方发现文件被大量删除的痕迹，围绕删除的时间和目的、删除原因和是谁下令删除等问题，预计将出现新的争议。调查e-知园系统的调查组相关人士表示“虽然（e-知园等）公共机构的电子审批系统不能进行删除操作，但并不是说完全不能删除”。 　

检方计划从10月7日起传唤与管理会议录相关的核心证人进行调查。 　

检方并未公开提及被删除的文件类别，似乎是担心朝野之间围绕会议录的政治战争更加激化。检方相关人士强调“调查将集中在法院颁发的令状允许范围之内，全力查明会议录被删的相关疑点”。 　

检方至今共拿到了3个会议录版本，一个是被删除后经恢复的文件“草本”，一个是在烽下e-知园系统发现的“修正本”，一个是国情院保存的已经于今年6月份公开的“国情院本”。如何定义各版本会议录的性质，将成为今后法律裁决的关键。检方在发布针对今年2月NLL相关诉讼进行调查的结果时曾表示，国情院保管的会议录可以看作公共记录文件，而不是总统指定记录物品。今年7月，国情院也曾主张“会议录明显是公共记录文件，公开相关文件的程序完全合法”。针对从烽下e-知园发现的另外两版会议录，检方认为，考虑到相关文件保存在国家记录院的总统纪录馆，可以暂时将其看作未来需要移管的总统记录物品。 　

另一方面，朝野在开天节休息日当天也展开了政治攻防战。新国家党首席副代表尹相炫召开记者会表示“究竟是谁意图删除篡改历史，必须对国民们的这一严正疑问做出回答”。 　

身为NLL对话录阅览委员的民主党议员朴南春、禹润根、全海澈在国会记者会上反驳称“既然返还的e-知园系统复件中有对话录，当初青瓦台和新国家党声称对话录失踪的说法就是捏造事实”。