日本政府称独岛问题应该在国际法院（ICJ）解决。日本外相玄叶光一郎8月11日在记者招待会上表示：“日本将在国际法院明确表达自己的主张，让国际社会理解自己的主张”，“很快将（向韩国政府就到国际法院一事）进行提案”。

如果想在国际法院解决独岛问题，就需要当事国韩国的同意。韩国政府不会答应，因为“独岛自古以来就是韩国领土，根本不是纷争地区”。日本在1954年和1962年向韩国提出要去国际法院，遭到了韩国的拒绝。日本明知韩国不会同意，但还是要推进到国际法院解决独岛问题，其目的就是“向全世界公布独岛是纷争地区”。日本外相玄叶光一郎甚至提出了韩国总统的国政口号，称标榜“国际韩国”的韩国理应同意去国际法院。知韩派的民主党调整会长前原诚司施压说：“韩国拒绝去国际法院就是没有自信。”他想让国际社会认为“韩国不去国际法院=没有自信、胆小”，想要让韩国在国际社会失颜面。《朝日新闻》称：“日本外务省质问‘韩国为什么不去国际法院’，他们认为韩国国内也可能会出现动摇。”日本就是想要通过“去国际法院”这张牌让韩国国内舆论产生动摇。

除此之外，日本还在研讨新开设一个专门负责领土问题的机构。日本岛根县从今年2月之后一直要求设立专门负责独岛问题的机构。《产经新闻》称：“新的机构不仅仅将负责独岛问题，还将负责同中国有纷争的尖阁列岛（中国叫钓鱼岛）、同俄罗斯有纷争的千岛群岛（Kuril Islands）四岛（日本叫北方领土）问题。”

日本将驻韩国大使武藤正敏临时召回了日本，同时还在谋划更加强硬的对策。原因是日本需要应付国内的舆论，日本国内舆论认为“是民主党政权的软弱外交导致了惨祸的出现”。但实际上可以采取的应对是有限的。日本媒体也都分析称：“日本政府想要展示强硬姿态，但实际上手段并不多”（《日经新闻》）、“民主党内部重视同韩国友好关系的议员不少，强硬姿态能够维持多久还是未知数”（《产经新闻》）。

这些分析认为，为了签订日本更加积极的双边自由贸易协定（FTA），为了共同应对朝鲜问题，日本政府很难做出过度的应对。 日本政府内部还将提出中断两国首脑间的穿梭外交，在9月俄罗斯APEC会议上保留进行韩日首脑会谈等。但日本外相玄叶光一郎表达了慎重的立场，他表示：“领土问题就应该当作领土问题来处理，这是基本方针。”即使首脑会谈中断，韩国也没有什么损失，日本这张牌的效果接近于零。

除了政府方面的应对，日本媒体连日来对李明博总统访问独岛一事表达了大量的负面见解。在慰安妇问题上敦促日本政府改变姿态等照顾韩国方面立场的《朝日新闻》也不例外。其在8月11日的社论中称这是“总统没有分寸的行为”，在12日主笔若宫启文执笔的专栏中通过“不像大国的行为”等指出“李明博总统访问独岛是用于韩国国内政治”。