韩国科学技术院（KAIST）内部再次针对徐南杓的去留问题起了争议。2011年年初，学校曾因接连发生学生自杀事件而被追究道德责任，为此，该大学的教授协会曾要求徐校长辞职。他们于1月12日再次要求徐校长辞职。从1月9日到当天之间，KAIST教授协会以协会会员为对象作了题为是否赞成“敦促徐校长罢免决议书”的新闻调查，调查结果显示，参与调查的教授（383名）中有75.5%(289名)的教授赞成敦促徐校长辞职。这所大学教授协会的会员共有536名。教授协会认为“看到徐校长独断专行、冥顽不灵、没有责任感等的形象，我们感觉他无法再带领KAIST发展前进”，“如果徐校长拒绝主动辞职，我们将敦促理事会下达卸任的决定”。

KAIST理事长吴明最近也通过非正式渠道要求徐校长辞职，令徐校长备受全面辞职压力的煎熬。但是徐校长称自己希望“将KAIST建设成世界公认的大学，并改变错误的大学文化”，拒绝辞职。