一直以来，被韩国教育部垄断的27所国立大学秘书长的岗位在尹锡悦政府上台后变成对外公开招聘的岗位，这一改变也象征着教育部对韩国高校的典型限制。但现在有情况爆出，这一制度现在却变相成为各部门走走形式、摆摆样子，互相把在职的公务员调动一下不让肥差外流的另一种垄断，可谓是教育部官僚主义阻挠高校改革的典例。
中央日报27日对韩国国立大学秘书长的人事现状进行分析的结果显示，在27所国立大学中有13所大学采用了“部门间的人事调动”。比如，今年1月国务总理秘书室副理事官申某被调为广播通信大学秘书长。相反，教育部副理事官郑某被调到了国务总理秘书室的空位。4月，国民权益委员会局长金某被调为公州大学秘书长，而教育部的李局长被调到了国民权益委员会。5月，国防部局长千某被任命为釜山大学秘书长，而教育部局长金某则被调到国防部下属的外厅兵务厅。
不仅如此，有些部门还在经过私下协商轮流进行人事移动，阻止了秘书长一职外流。今年3月海洋水产部副理事官李某被任命为海洋大学秘书长，全南教育厅副理事官金某填补了海洋水产部的空缺。此外，教育部副理事官杨某被调到全南教育厅。由于一对一的人事交流不尽如人意，所以采用了动员3个部门的人事调整。17所国立大学中剩下的14所有10个公开招聘岗位、2个开放岗位、2个待定岗位。除了顺天大学和群山大学之外，其他大学的相关岗位目前都空缺。尹锡悦总统今年2月主持人才培养战略会议的国立金乌工科大学也连续10个月没有人担任秘书长一职。
国立大学秘书长是总管大学预算编制、运营和教职员人事工作的职位，之前都是由教育部乃至政府出身的高层公务员(二级)或副理事官(三级)垄断该职位。一位国立大学秘书长出身的教育部相关人士表示，“虽然是重要职位，但相对来说业务压力比在总部要少，因此被认为是晋升为高级别公务员后象征性暂时担任的一个‘肥差’”。
尹锡悦政府很重视大学的自主性和独立性，认为教育部派遣的秘书长会被变相成为教育部随心所欲管理和控制大学的手段，因此开始对此着手改善。尹锡悦总统在去年4月接管委员会时期听取了秘书长人事改组报告。同年9月教育部发布“国立大学秘书长人事改组推进案”，不再由教育部选派高层公务员担任秘书长，而是通过1. 完全向民间开放(开放职)2. 在现职公务员中公开招聘(公开招聘职) 3. 部门间的人事交流这三套方案来代替。
教育部在发布改组案后，前后两次对现任秘书长下达了职务调动待命命令，不惜冒着出现业务空白和人事积压的风险破天荒地一下子调派了10多位高层公务员。教育部解释称，"为了确保改革的进行和快速稳定组织，让秘书长进行待命"。教育部副部长张商允在去年10月的教育部国政监查中就秘书长改组案表示，"已经与总统室进行了协商"。有分析认为，尹锡悦政府向教育部发出了强烈的警告信号。
但是为了消除人事积压现象，比起民间开放或公开招募，部门间的人事交流被放在首位，因此12个地方连续10个月出现职位空缺。只通过各部门之间进行人事交流的问题在于“暗箱操作”，没有选拔专业的大学行政性人士，而是各部门之间互相给方便暗地进行人事安排。比如教育部会向希望进行人事交流的部门提前说好“调派你担任XX大学秘书长，然后让SS来担任局长”，如果部门之间意见一致，就可以发布人事调动公告。
有不少大学因为面临接受专业性不够的高层公务员来当秘书长一职感到为难。某国立大学校长对此表示担忧称，“如果没有专业性的教育部官员，还不如让能够获得预算的企划财政部和产学合作有优势的产业通商资源部出身人士来担任，采取部门之间协商后派遣秘书长的方式”，“地方大学危机、学生人数减少等课题堆积如山，顾不上空缺的秘书长人事安排”。
结果到目前为止，向民间开放秘书长岗位的情况只有江原大学和江陵原州大学两所，这与改组方案的本意大相径庭。中央大学教育学系教授金伊京(音)指出，“不考虑专业性而是以要填补职位空缺为由进行强行摊派式的人事交流，这在民间根本难以想象”，“将教育部官员排除在秘书长调派之外是为了强化大学的自主性、独立性、提高竞争力，但却被部门的利害关系所排挤。为了能够根据大学所处的情况聘用最合适的人士，教育部应该退出，改为国立大学自行决定秘书长聘用的方式"。
人事积压严重的教育部连原来的职位也消失了，正处于尴尬的境地。教育部公务员工会一直主张撤回秘书长人事制度改组案。教育部相关人士对此解释称，“就算是部门之间的人事交换，也是让海洋水产部出身人士去海洋大学、国土交通部出身人去交通大学、文化体育观光部出身人士去韩国体育大学当秘书长等，都在努力最大限度地发挥专业性”，“其他部门的官员担任秘书长，也可以从新的视角对业务产生协同效应。为了填补空缺，将尽快进行公开招聘程序”。
