事实证明，首尔市公务员间谍伪造证据自去年8月国家情报院在一审中败诉起，由科长权某（51岁，4级，企图自杀）负责公审，科长金某（48岁，4级，又名金社长）负责搜集证据，分工明确，精心谋划所致。另外，在中国驻韩大使馆于2月14日称“检方提交的三份公文均为伪造”之前，金科长称“在中国不可能有问题”，并且间谍嫌疑人刘禹城（音，34岁，中国名字刘自强（音））的延边自治州出入境记录也是后来伪造的。

首尔中央地方检察院伪造证据搜查队（队长尹甲根检察长）于3月31日将国情院对共搜查队负责企划的金科长和协助人金某（61岁）以伪造证据等嫌疑进行拘留起诉。该案件由首尔中央地方法院刑事24部（部长金容宽）负责。

根据起诉书所述，金科长于去年12月7~9日要求协助人金某得到刘禹城辩护方三合海关情况说明书是“与事实不符”的答复。金某称“从中国军方三合海关不可能拿到公文，不得不伪造公文”，金科长极力命其伪造，称“在中国不可能出问题，不用担心”。对此，金某于当月14日给中国青岛专业伪造者手续费四万人民币（约740万韩币），制作了三合海关公章用以伪造文件。

2月5日，在中国大使馆正式回复而被证实为伪造证据之前，金科长又与金某见面，给了辩方延边自治州出入境记录的复印本。他同时又委托金某称，“将刘禹城于2006年5月27日再次去朝鲜一事伪造成更加确切、能作为证据的出入境记录和公证书”。

金某再去青岛，伪造延边自治州公文称“证实刘禹城于5月27日离开朝鲜后6月10日回韩国”。这与辩方主张相反。金某在长春市伪造了公证书，并将文件一起寄给金科长。金某于2月5日企图自杀时所留遗书写到，“会拿到伪造文件所需1000万韩元”，搜查队认为这是伪造延边出入境进入的报酬。

国情院于去年8月在一审宣布无罪之后，令在中国工作多年的金科长协助工作，其曾在中国沈阳师范大学进行语言研修。事实表明，金科长与负责公审的权科长密切协作并来往于中国和韩国，主导了伪造文件的全过程。最高检察院于去年7月通过沈阳总领事馆向吉林省公安厅提请刘禹城的出入境记录，但被回复为“没有先例”而遭拒绝。之前，权科长将在搜查阶段获取的中国出入境电子网（梅沙）记录原本，于去年9月末通过沈阳总领事馆领事李某（48岁）提交，但是公审检方称“从外型上不能视为公文”，并未将其作为证据提交。

之后，金科长于去年10月中旬通过另一名协助人金某（在逃）伪造合龙市公安局出入境记录后，将其提交给负责公审的检察官。但是检察官通过外交部向和龙市要求“确认发放事实”，情况变得复杂。金课长和权课长、李领事通过内部会议，于11月27日在国情院对共搜查队办公室以自己妻子的名义连接网络传真后,给李领事发送了伪造的确认书。金科长第一次发送时将号码错误输成垃圾号码，李领事看到号码是垃圾号码之后便告知金科长号码错了。而金科长后将发送号码输成黑龙江市总机号码，重新发送了传真。检方相关人员说明到：“李领事称两份传真号码不同的两份发放确认书都提交至审判部，从而露出破绽”。对此金科长的律师称，“金科长并没有通过首尔內谷洞大楼办公室的电脑发送传真”，“金科长和中国的协助者之前就一起使用了网络传真。伪造的确认书是中国的协助者发过来的。”