总统职务交接委员会发布组织改革方案之后，外交通商部陷入了极度震惊。规模被缩减的教育科学技术部和农林水产食品部等也深受打击。

根据改组方案，部长级的通商交涉本部将从外交通商部分离出，这是继1998年金大中政府以强化通商外交的名义将通商交涉本部合并到外交部以后，时隔15年再次分离。

但据悉，直到1月14日方案发布之前，外交部领导层还对这一情况丝毫不知。金星焕部长正在非洲巡访，通商交涉本部长朴泰镐刚发布了竞选世贸组织（WTO）秘书长的宣言。因此，外交部公务员内部认为“这是被交接委员会狠狠打了一记后脑勺”。

通商交涉本部即将与产业通商资源部合并到一起，这样，通商交涉本部的公务员的身份就必然会发生变化。现在，在外交部本部的900余名公务员中，通商职务的公务员约有100余名。预计在驻外公馆工作的通商职务公务员在回国后也将被转到产业通商资源部。

如果改组方案确定下来，他们的身份将从外交官变成一般行政公务员。特别是，在通商交涉本部长旗下审议官级别以上的10名高级公务员中，有8名都是外务考试出身，这一转变对于他们来说将是非常大的冲击。

此外，他们今后还需要到在世宗市上班。因此，通商职务的公务员现在弥漫着一片出丧的气氛。通商交涉本部的一名公务员说“看了新闻才知道这个消息”，“报道出来以后，大家才慌忙通过网络查询相关信息”。另有一名课长级干部表示“太震惊了”，“看完新闻脑子一片空白”，表达了自己对这一消息的震惊。正在海外工作的一名通商职务的干部表示“刚合并到外交通商部不到15年，才勉强适应外交官的生活，就又要换新环境（产业通商资源部）了，感觉前方一片黑暗”。政府组织改组方案发布以后，负责通商事务的主要局长举行了紧急对策会议，商讨应对措施。

教育科学技术部公务员的反应可谓喜忧参半。教育方面认为“科学与教育结合在一起本来能够发挥出很大的综合效应，但没想到这就要被分开了，担心部门规模缩减之后会得不到政府的重视”。相反，科学方面则认为“能与教育分开是件好事”。但对于将信息通信技术（ICT）划归未来创造科学部管理一事，很多人表示遗憾。

名称被改为农林畜产部的农林水产食品部正沉浸在一片垂头丧气的气氛中。水产和食品这两个关键词从部门名称中删除后，预计农林水产食品部将成为缩减规模最大的部门。农林水产食品部的一名高层干部表示“从没想过会发生这种事情”，“把水产和食品事务都从我们部门缩减出去，现在我们管理的只有养牛种田的农林事务了”，表达了自己的不满。

广播通讯委员会也将把振兴广播通讯的职能移交给未来创造科学部，被缩减为一个专门负责行业规范的机构。广播通讯委员会的相关者表示“行业规范业务与行业振兴业务分开之后，将很难有效执行政策”。