日本首相鸠山由纪夫的辞职对韩日关系造成的影响倍受关注。韩国政府消息灵通人士预计：“日本民主党一贯重视韩日关系，总理后任者大体上也将继承对韩友好态度并保持两国间友好合作的基调不变。”鸠山由纪夫首相就同韩国一道采取强有力的“天安舰协作”表示：“过去朝鲜绑架日本人后，日本政府强烈地就朝鲜这一错误采取对策。以此为基调，天安舰协作也将保持这一态势。”

但消息灵通人士指出：“5年间共换了4任首相，日本政界可谓飘忽不定，在这种背景下小心而持续地推动韩日两国关系前进多少有些难度。”从鸠山由纪夫首相解决历史遗留问题中看出的其转型性立场这点来看，政府部分人士对于他的突然辞职感到非常遗憾。某政府消息灵通人士焦急地表示：“今年适逢韩日合并100周年（8月）。原本韩国政府和鸠山由纪夫政府就解决历史遗留问题、面向未来的韩日关系宣言、开启自由贸易协定(FTA)协商等悬而未决的问题进行了准备，现在不得不担心所有的努力都将化为泡影。”他补充说：“之前特别期待鸠山由纪夫首相将于8月前后就历史遗留问题进行会谈，但后任首相是否采取相同措施我们将拭目以待。”