世越号特别调查团对前总统朴槿惠、前总统秘书室长金淇春、前法务部长黄教安等涉嫌对世越号调查过程施压、对调查进行非法伺察的问题做出了无嫌疑处理，对其他调查对象及问题也大多得做了无嫌疑的结论。
特别调查团在事故发生6年零9个月、调查团成立1年零2个月后，于今年1月19日发布了以上最终调查结果。虽然此前检方已经进行过四次调查，但围绕世越号仍存在较多疑点。为查明这些问题，检方在2019年11月成立了尹锡悦检察总长直属的特别调查团。
特别调查团自成立以来，主要针对4·16世越号重大事故遗属协议会等遇难者遗属控诉、揭发的情况和社会重大事故特别调查委员会委托调查的情况等共计17起案件展开调查，最终决定对其中13起案件进行无嫌疑处理，将2起案件移交其他调查机关，仅对妨碍世越号重大事故特别调查委员会调查和海警指挥部未及时下达救援命令这两起案件进行了起诉。
针对世越号事件的调查和监察过程曾经受到外部压力和非法伺察的嫌疑，特别调查团也大多做出了无嫌疑处理，其中也包括朴槿惠前总统指示机务司令部和国情院等情报机构非法伺察世越号遗属等滥用职权、妨碍公务的嫌疑。
特别调查团表示，朴前总统等人确实接到过机务司关于部分世越号遗属动向的报告，但并未发现青瓦台指示相关机构调查并汇报世越号遗属的情况。
世越号特别调查团团长：遗属们可能会感到失望，但我们不能无中生有
2018年12月，检方给主动到法院接受此案逮捕令实质审查的前机务司令官李载寿戴上手铐，引发巨大争议。虽然法院最终作出驳回逮捕令的决定，一直否认相关嫌疑的他还是在几天后选择了自杀。
关于国情院的非法伺察问题，调查团表示，“前国情院长南在俊、李丙琪等人确实曾调查世越号遗属的动向并写成报告，但只是为了搜集在记者会上向媒体公布的信息，不能视为滥用职权”。
关于时任法务部长的黄教安和时任青瓦台民政秘书官的禹柄宇涉嫌在2014年7月至10月要求负责调查海警123艇长的光州地方检察院检察官“在申请逮捕令时把工作过失致死(伤)这条嫌疑删掉”的问题，特别调查团对此也没有进行起诉。调查团表示，“法务部应该的确曾对检方(指控的嫌疑内容)提出意见，某种程度上破坏了检方调查的独立和中立性”，“但因为无法断定法务部是否曾作出相关指示，而且在检方指控相关嫌疑并做出起诉决定时法务部也并未对检方此举提出异议”。对于前室长金淇春等青瓦台官员向监察院施加压力的问题，调查团认为“没有证据可以证明嫌疑人曾向监察官施压以免对青瓦台展开监察”，对此也做出了无嫌疑处理。
对于电视人金于俊提出的AIS(船舶自动识别装置)航迹资料造假问题，调查团也得出结论认为“没有问题”。金于俊提出，可能有人故意使世越号沉没，并对记录船舶航迹的AIS进行了造假，并在这一基础上制作了电影《幽灵船》。特别调查团针对海水部提交的AIS资料原件、民间商船的AIS和外国AIS数据搜集企业的数据进行比较分析后得出，通过23个AIS基站查实的世越号实际航迹与海水部在事故发生初期发布的航迹完全一致。
对于世越号硬盘录像(DVR)设备涉嫌造假的问题，特别调查团计划将案件移交给即将成立的事越号特检组调查；“全国经济人联合会不当支持保守组织的问题”将交给首尔中央地方检察院反腐败调查1部继续调查。
特别调查团团长任宽爀表示，“对于包括遗属等在内的外部人士来说，这可能不是他们希望看到的调查结果；但对于司法人员来说，我们不能无中生有。我们已经按照法律和原则，进行了彻底详尽的调查”。
