韩日国防当局围绕雷达和低空飞行的矛盾正逐渐演化成双方军事交流中断的问题。1月27日，韩国军方消息人士表示，海军第一舰队司令官金明秀(音)最近已经向日方通报，把下月访问日本舞鹤港舞鹤地方队(相当于韩国舰队司令部)的计划“推迟”。这是韩日舰队司令官级别指挥官(少将)之间每年都会以轮流出访形式例行举行的交流活动，奇数年由韩国海军访问日本，偶数年则由日本海上自卫队访问韩国。

日本防卫省也在重新考虑派遣“出云号”等多艘日本军舰参加4月份釜山前海国际海洋安全演习的计划。这是借着东盟(ASEAN)扩大国防部长会议在韩国举行的机会举行的共同演习。日本防卫相岩屋毅1月26日表示，“与韩国保持国防合作非常重要”，不过，“我们将重新考虑什么才是合适的双边交流方式，考虑我们以何种方式参加4月份的演习比较合适”，暗示将对原计划进行修改。

《朝日新闻》报道称，日本有官员表示“因为烦透了韩国，真希望把日本列岛搬迁到(美国西海岸的)加利福尼亚前海”，“防卫省内部对韩国的不满情绪高涨”。东京外交消息人士表示，“作为一个权威媒体，却故意报道这种荒唐的言论，可见双边关系已经恶化到什么程度”。

在此之前，韩国国防部长郑景斗1月26日访问釜山海军作战司令部，下令韩国海军按照部队应对指南对日本海上巡逻机的低空威胁飞行进行严正应对，作为对1月25日日本防卫相岩屋毅访问海上自卫队厚木基地的回应。

随着韩日关系恶化到极点，双边也启动了幕后非公开沟通渠道。韩国驻日大使李洙勋1月16日与安倍内阁的二把手——日本官房长官菅义伟举行了非公开午餐会。东京某外交消息人士说，“两人一起吃饭，第一次围绕现在的情况进行了深度对话交流”。李大使提议举行的这次午餐会共持续了1个多小时，现场只有翻译陪同，两人进行了罕见的一对一对话。菅义伟官房长官表示，答应举行这次午餐会是因为“希望让韩国知道日本政府的真实态度”。2012年末安倍首相二次执政后，菅义伟担任官房长官已经超过6年时间。消息人士透露，菅义伟官房长官在午餐会上对双边关系恶化表示了遗憾。