日本海上自卫队巡逻机去年12月20日对广开土大王号进行近距离飞行后，1月23日韩国军方当局再次表示，日本巡逻机对韩国大祚荣号进行了低空威胁飞行。而在一天前的1月22日，日本防卫省刚刚单方面宣布“停止与韩国围绕巡逻机风波进行工作磋商”。在韩国与美国围绕防卫费分摊金额问题出现矛盾、甚至可能导致韩美同盟破裂的情况下，韩国与日本又不断围绕巡逻机问题发生纠纷，导致韩美日安全合作面临着最大危机。

联合参谋本部表示，当日下午2点3分左右，日本海上巡逻机P-3C在位于南海离于岛西南方向131公里处的海域上空对韩国海军驱逐舰大祚荣号进行低空威胁飞行，当时巡逻机距离大祚荣号只有540米，高度只有60~70米。此处虽是公海海域，但属于韩国的专属经济区(EEZ)，而且是日本防空识别区(JADIZ)与中国防空识别区(CADIZ)相重叠的地方。因此，日本每天都会在这里进行巡逻活动。

日本巡逻机从大祚荣号后方转到左方，进行了绕圈飞行。韩国军方相关人士表示，“一架可以进行武装的军用飞机围绕他国军舰进行近距离绕圈飞行，属于明白无误的挑衅行为”，“日本可能是想近距离仔细观察大祚荣号，进行侦察活动”。韩国海军曾先后20多次通过国际商船通信网向日方发出警告，表示“贵国(日本)正在接近我们所在的方向，请立刻改变航线，如果继续接近我方，我们将采取自卫措施”，但日本巡逻机没有做出任何回应。大祚荣号用摄影设备拍摄到了日本巡逻机进行近距离威胁飞行的过程。

此后韩国海军通过与日本海上自卫队之间的热线电话对日方提出抗议，但日本方面回应称，“我们是友军(友邦)，针对友军可以识别的飞机采取自卫措施是一种非常不恰当的行为，希望韩国收回相应措施”。韩国海军对此表示，“即便可以互相识别，在900米以内距离和200英尺(61米)以内高度进行近距离飞行，也足以让我们的军舰感到安全威胁”，“日方应对这样做的意图作出解释”。但此后日本一直没有做出任何回复。

韩国联合参谋本部还表示，日本还在1月18日和22日进行过与23日的情况相类似的近距离威胁飞行。1月18日在蔚山东南方向海域，日本海上巡逻机P-1层对韩国海军驱逐舰栗谷李珥号进行近距离飞行，1月22日日本的P-3C巡逻机在济州岛东南方向海域对韩国海军登陆舰露积峰号上方进行了近距离飞行。韩国军方相关人士表示，“18日和22日的情况，日本巡逻机的飞行高度都保持在1.8千米以上，并不像23日的情况一样具有威胁性”。

韩国军方当局表示，当日大祚荣号并未启动火控雷达。韩国联参作战本部长徐旭(音，陆军中将)当日表示，“强烈谴责”，“如果这种情况重演，我们将根据军方应对行动指南采取强烈回应措施”。对此，日本防卫相岩屋毅表示，“(日本巡逻机)并未在60~70米的低空进行飞行，我这里有确切数据，飞行高度一直保持在150米以上，完全符合相关国际规范和国际法的规定”。