◆控制对朝优势常规战力韩朝在协议书中约定，无论在何种情况下都不会使用武力。韩国政府官员断言称，“这是不可侵犯宣言”。双方约定将在日后就终止针对对方的军事训练、武力增强和各种封锁、阻断和妨碍航行以及对对方的侦查行为等问题进行协商，并将其作为一大课题留给共同委员会。这意味着韩朝要正式开始军备控制。军备控制指的是韩朝通过协商来调解整体军事能力，逐步缩减战争危险性的步骤，借此可以阻止韩朝的擦枪走火，消除军事不安带来的经济受挫现象。然而这期间半岛一直处于通过韩国常规战力和美国核保护伞来阻止朝鲜不对称核战斗力量等的结构之中。朝鲜加速进行核导弹开发后，驻韩美军就在韩国引入末段高空区域防御(THAAD，萨德)系统 。淑明女子大学政治外交学系洪奎德教授称，“在最重要的无核化未能实现的情况下不应该急着开始讨论缩减军备一事”，“在此之前必须先充分缓解军事紧张，构建起信赖”。韩美联合军演或在半岛部署美军战略资产等类似事项也可能会被摆到韩朝共同委员会的协议桌上。韩国联合参谋本部前任次长(预备役陆军中将)申源湜担忧道，“如果朝鲜在共同委员会上就韩美联合司令部的军事作战一一追究的话，韩美联合防卫态势可能会受到拘束”。换言之，韩美联合司令部与韩朝共同委员会之间恐产生冲突。
◆11月1日起中断西海5岛的炮击训练
军事协议是此次平壤领导人会谈上韩朝之间达成的最具体的协议。根据协议书内容，为阻止军事紧张和冲突，韩朝决定在军事分界线(MDL)一带设置缓冲地带。地面上，从军事分界线起的5公里之内，韩朝决定不再进行炮兵军事训练和连队级以上的野外机动训练。此外，双方还划分出所有飞行器都无法接近的禁飞区域。这些措施将于11月1日开始实施。仅地面的缓冲地带就比现有的非军事区(以DMZ， MDL为标准，距离韩朝各2公里之内)宽出很多。韩朝还决定开展将非军事区设立为和平地带的项目。作为示范，双方将从非军事区撤除11处监视哨所(GP)，让共同警备区实现非武装化，同时还将在非军事区之内共同发掘遗骸。这相当于一直以来的停战体制将被韩朝协议所替代。
◆中断接近军事分界线的飞行
韩国国防部官员强调称，“即使履行协议，我们在军事作战上也没有任何问题”。该主张认为，即使在MDL一带划分出陆海空缓冲地带也不会对军事作战产生影响。然而，设立禁止飞行区域目前已经引发了争议。有人认为，此举可能成为束缚韩国手脚的措施，因为比起朝鲜，韩国有着更具优势的航空能力。就一般飞机的禁飞区域而言，东部地区是从MDL开始的40公里，西部地区是从MDL开始的20公里。直升机是从MDL开始的10公里之内，无人机是15公里(东部)和10公里(西部)，飞行气球是25公里之内，各种飞行器的适用标准不同。空军士官学校前任校长(预备役空军中将)金亨哲（音）称，“从整体来看，这将有助于缓解紧张”，“有时为了严密观察朝鲜的异常动向，侦察机还可以接近MDL，今后就不能这样了”。
◆西海北方界线(NLL)被忽视了吗？
韩朝通过协议划分了防止在西海和东海发生偶发性冲突的缓冲海域。然而，在西海设立缓冲海域时却没有以北方界限(NLL)为标准，这有可能引发争议。由此一来，双方将无法在缓冲海域之内进行海上炮击和机动训练。然而根据协议书内容，韩朝将西海上韩方德积岛以北和朝方椒岛以南的海域划分为缓冲海域。该海域还包括白翎岛、延坪岛等西海5岛。韩国国防部在协议书解说资料中解释称，韩朝军事当局达成协议的西海缓冲海域区域一共是80公里。青瓦台和平军备控制秘书崔钟健(音)在当天的记者会上称，“西海地区(缓冲海域)的准确范围是朝方40公里，我方40公里，一共80公里”。
然而，利用谷歌地图测量的实际距离来看，从(朝鲜)椒岛到(韩国)德积岛是135公里。如果以北方界线的最北段白翎岛为基准，到朝鲜椒岛是50公里，到韩国德积岛的距离是85公里左右。因此出现了争议，即韩国政府到底以哪个线为基准划分的缓冲水域。韩国国防部给出解说资料称，“西海缓冲海域包括了炮兵、舰炮、岸炮等军事威胁较为集中的地区”，“以特定线为基准进行相互等价对比毫无意义”。然而，国防部此处使用了“特定线”的表达代替了北方界线。因此可能会有人指出，设立韩朝之间缓冲海域时没有以北方界线为基准。虽然韩朝在协议中决定设立和平海域和示范共同渔捞海域，但基准是由共同委员会来确定。国防部官员称，“北方界线并非协议中的议题”。
在有媒体报道指出西海韩方德积岛和朝方椒岛之间的距离不是80公里而是135公里后，韩国国防部更正称西海上缓冲海域的距离不是80公里而是135公里。
对此，韩国国防部相关人员解释称，“这纯属制作解说资料过程中发生的错误”。
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