韩国政府为掌握“金正男被毒杀事件”真相、制定未来对策，开始展开紧急行动。代理总统黄教安2月15日在韩国首尔政府大楼主持召开国家安全保障会议（NSC）表示“一旦确认金正男被害是朝鲜政权所为，金正恩政权的残忍和违背伦理的行径将赤裸裸暴露在人们面前”，“韩国政府认为这起事件关系非常巨大，正在密切关注朝鲜的动向”。黄代理总统表示“现在我们必须密切察看朝鲜动向，针对朝鲜可能追加进行其他挑衅的情况制定出万全的防备方案”，“希望有关方面与马来西亚当局继续保持密切合作，以便彻底掌握这起事件的真相”。 

此前韩国一直由国家安保室室长金宽镇主持召开NSC常任委员会，这是黄代理总统首次主持这一会议。

针对此事，韩国军方相关人士表示“计划通过对朝广播喊话向军事分界线（MDL）附近地区的朝鲜居民和朝鲜部队官兵传播金正男被害的消息”。由于这起事件很可能是在朝鲜金正恩的指示下进行的刺杀行动，韩国军方有意从对朝心理战的层面出发，利用这起事件积极向朝鲜居民和军人宣传金正恩的残忍行径。

此外，韩国警察厅还增加人手加强对前任朝鲜驻英国大使馆公使太永浩等脱北政要的安全保护，并强化了对他们住处的防范巡查。韩国警方还计划统计出人身安全可能遭到威胁的人物，帮他们转移住处，制定额外的安全保护方案。

韩国统一部发言人郑俊熙也表示“计划对脱北居民与韩朝交流团体相关人士的安全保护系统进行一番检查，提醒他们注意人身安全”。为出席2月16日起在德国举行的二十国集团（G20）外交部长会议而于当日下午出国的韩国外交部长尹炳世出境前与记者们见面时表示“预计将有不少国家对朝鲜的导弹威胁和金正男死亡事件表示关注，将根据情况进展与多国交换相关意见”。