1月16日，独立检察组对三星电子副会长李在镕申请了拘捕令，三星集团立即对此表示强烈反对，声称独立检察组一直是在行贿罪的框架下展开调查。三星相关人士表示，“总统和李在镕副会长在单独会面时称马术支援不足，并命令三星换下已派遣的韩国马术协会副会长李荣国（音）等，这些都是能够证明总统强迫和威胁三星的决定性证据，而独立检察组却从未提及过此事，实在让人感到遗憾”。

三星认为申请拘捕令同样存在不妥。三星相关人士表示，“很多司法人士认为三星到底是另有所图才行贿，还是事前已结成同谋关系还有待考量。更何况李副会长目前在公司任职，并被勒令禁止出境，他是否存在潜逃的可能性，以至于让检方申请拘捕令，着实令人怀疑”。

如若李在镕副会长面临司法处置，三星恐在短时间内会停止投资和新事业的扩张。在经过了两个多月的检方调查、听证会以及独立检察组的连番轰炸，三星未来战略室实际上已处于瘫痪状态。事实上自去年11月14日三星宣布收购美国汽车电子制造商哈曼（Harman）之后，三星的企业并购（M&A）事业便已叫停。与去年每隔15天便宣布一次中大型企业并购相比，三星为期两个月的沉默时间确实不短。三星不仅未能制定今年的营业计划，同时至今未能完成原定于去年12月初进行的人事调整。

韩国财界普遍担心，由于三星在韩国的国家经济中占有举足轻重的地位，三星若在经营上出现的问题，最终会给整个韩国国家经济带来负面影响。2015年末，三星集团总市值为394万亿韩元，占韩国国内证券市场的30.2%；而在2015年韩国593万亿韩元的出口总额中，三星电子所占比重高达20.4%。

由于当天传出了申请拘捕令的消息，三星电子股价下跌了2.1%。随后三星物产（-0.78%）和三星生物制剂（BioLogics，-0.98%）以及三星SDS（-0.36%）等主要子公司的股价均出现下跌；Wonik IPS（-5.89%）和TES（-4.8%）等半导体装备股的股价也应声而跌。

Hi投资政权研究员宋明燮对此解释道，“半导体装备股受投资决定的影响很大，因此市场担心三星会因为李在镕副会长被拘捕而无法决定投资”。

随着三星相关调查进入收尾阶段，备受瞩目的SK、乐天等“下一个接受调查的”企业也是人心惶惶。目前，独立检察组把重点放到了2015年8月13日SK会长崔泰源的光复节特赦与SK集团为Mir和K体育财团出资111亿韩元之间是否存在关联上。乐天集团则涉嫌通过为两家财团出资49亿韩元并向K体育财团追加出资70亿韩元而提出重新获得免税店经营权的请求；而CJ为财团出资是否与赦免当时被收监的李在贤会长有关也同样需要调查。

由于企业家面临司法处置的可能性逐渐加大，韩国经营界开始出面呼吁采取慎重态度。韩国经营者总协会在当天提交的立场资料中表示，“李健熙会长三年来依旧未能恢复健康，在这样的情况下若李在镕副会长也被拘捕，三星集团将处于严重的经营空白之中。希望司法当局能够谨慎判断，不要让李在镕副会长拘捕之事让韩国企业家本就冰冷的‘经济之心’再次冻结”。

韩国中小企业中央会也紧急召开记者见面会，并表示“希望独立检察组能够考虑到韩国经济状况所面临的国内外危机，以不拘留立案原则进行调查，尽可能简化对企业家的调查”。