“周子瑜事态”与1月16日结束的台湾总统选举同时发酵，在海峡两岸正引起强烈反响。

台湾总统当选人蔡英文1月16日晚在确定当选后表示，“一个在韩国发展的台湾艺人，一个年仅16岁的女孩，因为她手持台湾国旗的画面就遭到了压制。不区分党派，这个事件已经激起了台湾人民的公愤”。

她表示，“这个事件，将促使我永远铭记，中华民国总统的职责就是把国家变得更加富强，让全国一致对外”。接着，她强调称，“任何国家的国民手持国旗都是应该被尊重的正当权利，任何人都不能压制国民摇晃自己国家的国旗。任何压制都将会破坏两岸关系的稳定”。

对此，中国大陆通过国台办名义的声明表示，“强烈反对任何形式的‘台独’和分裂活动”。中国外交部发言人洪磊也斩钉截铁地表示，“在维护国家主权和领土完整的重大问题上，中国政府的意志坚如磐石，绝不容忍任何形式的‘台独’分裂活动”。

美国继1月17日将前国务院副国务卿伯恩斯(William Burns)派往台湾之后，又决定将现任副国务卿布林肯（Tony Blinken）派往北京，考虑两岸政局变化迅速做出了应对。

台湾总统选举以蔡候选人取得压倒性胜利结束。得票率是蔡当选人56.1%、国民党候选人朱立伦31.0%、亲民党候选人宋楚瑜12.8%，出现了历代最大的得票差。民进党在一起举行的立法院（议会）选举中也轻松获得过半席位（113席中68席)。

中华经济研究院第一研究所长刘孟俊分析称，“去年台湾经济增长率还未达到1%，实际上相当于零增长率。最近几年台湾经济持续极度不振，对此感到失望的选民放弃了执政的国民党”。

随着“周子瑜事态”发展成为触及台湾正统性和自尊心的象征性事件，这成为了选举末尾的最大议题。1月17日，台湾《联合报》援引台湾中央研究院社会学研究所研究员萧新煌的话推测称，“推出台湾正统性的蔡当选人的得票率可能因‘周子瑜事态’上升了1∼2个百分点”。