今后专门负责传染病的紧急处置室（EOC）将全年24小时运营，出现疑似患者时应对小组将被立即派往现场。疾病管理本部现任室长级别升级为副部长级，预算和人事等方面虽保障自主权，依旧隶属于保健福祉部。韩国政府9月1日由国务总理黄教安主持召开国家政策调整会议，公布了包含上述内容在内的国家防疫体系改编案。这是自今年5月开始共发生186例患者的中东呼吸综合征（MERS）事件的后续对策。

根据改编案，紧急处置室参照了美国疾病控制预防中心（CDC）等，将终年履行传染病有关信息的收集和监控、接收举报和指挥控制等职能，以便发生传染病时能立即应对。福祉部公共保健政策官权埈郁表示，“紧急处置室是世界各国重点推进的方案。虽然感觉有点晚了，但这是此次对策中的实质性核心方案”。

在中东呼吸综合征扩散过程中，备受指责的关于与国民沟通程序和危机管理方面的专业性会更强化。 为强化与国民的沟通，韩国政府决定在疾病管理本部新设危机管理沟通专门部门。福祉部部长郑镇烨表示，“计划在出现疑似病例时向医疗机构立即传达有关信息，并出现确诊病例时向国民立即公布有关信息”。韩国政府为加强以公众保健为主组成的防疫学调查官的专业性，今后3年将增加招聘60名正式员工，公务员序列里新添“防疫职”。

传染病治疗体系也将进行改善。中央和各区域将增加负压隔离病床，计划至2020年单人间的床位可容纳1500人。国家指定隔离病床的收容患者由现在的71人增至188人。为防止急救中心引发传染扩散，将在急救室入口处义务进行区分传染危险患者。

相反，备受关注的疾病管理本部的独立未能实现。副部长级别的疾病管理本部长虽然拥有了人事和预算权，但仍隶属于福祉部旗下，可行使的自主权有一定的界限。无论传染病发生引起的危机警报级别（关心·注意·警戒·严重）为何，疾病管理本部都会指挥政府内防疫对策本部。郑部长表示，“为这个问题考虑了很多。今后虽会给予（疾病管理本部）协助和支援，但是严禁干涉(其权限)”。

专家指出疾病管理本部要想切实履行职责，需要进行根本性的改变。高丽大学医学院千丙哲教授（预防医学系）表示，“本该通过（疾病管理本部）独立而确保组织扩大或聘用专家的自主权，但是此次改编力度未达到预期水平”。延世大学医学院朴恩澈教授（预防医学系）表示，“疾病管理本部停留在偏重福祉领域和一般公务员的现有体系中的话，恐怕很难具备专业性。保健部和福祉部依然有必要进行分离”。