因出现第三批MERS感染者等韩国民众的不安加剧、舆论对韩国政府早期对策不利进行批判，6月3日下午2点30分，韩总统朴槿惠在青瓦台主持召开MERS民官协同紧急对策会议。朴总统上午视察了位于忠清南道泰安国防科学研究所（ADD）安兴试验站的武器体系研发现场后，当即乘坐直升机返回首尔并召开紧急对策会议。朴总统在会议上表示，“从现在起，将对在应对此次病毒过程中出现的问题进行彻底检查，并针对目前的状况积极寻找、制定应对方案，一经确定，将立即对全国民众公开”。这也是朴总统首次针对MER召开相关会议。韩国首例MERS感染者被确诊后，时隔13天，也就是6月2日，韩国青瓦台才召开首次对策会议，并因此受到“应对迟缓”的批判。 　

当天，为应对MERS进一步扩散，韩国政府专门成立“综合应对控制办公室”这一专门特别工作办公室（TF）。TF由韩国保健福祉部疾病管理本部长、大韩医院协会长朴相根、大韩感染学会理事长金宇柱以及盆唐首尔大学医院感染内科科长金洪彬（音）等组成。 　

此外，韩国国民安全处、福祉部、韩国外交部等还计划参与并成立“政府MERS对策支援本部”。韩国雇用福祉首席秘书崔元永（音）在记者会上表示，“确诊的MERS患者均在医疗机构内部被感染”，“实时、彻底地对确诊患者、接触人员以及疑似患者进行追踪，并采取严密的对应措施是最重要、最妥当的对策方向”。为对疑似患者及确诊患者进行有效管制，韩国政府还计划推行分地区指定、运营地方重点医院这一方案。 　

出席协同紧急对策会议的金宇柱理事长表示，“在关心、注意、警惕、严重四个阶段中，从实际确诊的患者数来看，尚处于注意阶段，但国民感到的恐慌已处于严重阶段”，“通过对疑似患者进行隔离治疗，对接触人员进行为期四周的隔离，将有效切断传染链条，从而消除MERS病毒隐患”。 　

此外，当天韩国国防部为防止MERS病毒在军队扩散，采取了将疑似感染的预备役训练延期等紧急措施。该措施规定，曾前往中东地区旅行、与MERS确诊患者有过接触或曾出入过MERS治疗医院的预备役，可通过电话向预备役部队、兵务厅申请训练延期。部队新入伍士兵出现咳嗽、发热等症状时，也需被隔离并接受检查。现役军人的休假、外出及外宿也受到限制。