有指责称国防部与军方当局的初次现场调查存在问题。4月3日，联合调查组负责透露，在上月24日下午无人机被发现后，军方负责人徒手拿着机体现身，要求专家们进行分析。该负责人表示无人机机身并没有用布遮着，一般人都能看到。无人机是朝鲜所为的可能性非常大, 但作为证据的无人机被人徒手触碰。

在机体上共发现了60多处指纹。调查团把在坡州坠落的无人机送往了国防科学研究所进行精密调查。据悉，在这过程中发现了60多处指纹。经确认，其中6处并非韩国国民的指纹，剩下的50多处指纹则是因为韩国军方和警方调查团在未戴手套触摸无人机的过程中留下的。军方在发现机体当时只进行了指纹采集，没有进行DNA采集。联合调查团负责人表示“据我所知，军方在进行初步现场调查时并没有从机体上采集体毛、汗液等可进行DNA分析的要素”，“重要的搜查线索被忽视了”。另一位负责人表示“在获取物证和进行调查的过程中必须戴手套和口罩”，“调查人员直接用手接触，这反而会妨碍调查”。

特别是机身是在分解后被送到专家手中的。参与机身分析的某一人士表示“专家们要仔细分析的机体却被军方和警方随意分解，这让分析变得困难”，“对已被分解的机体进行调查时发现分析工作很难进行”。

国防部另外的举动也遭到质疑。虽然参与联合调查的人士们表示“无人机上有影像输送装置”，但国防部却主张“绝对没有”。但在《中央日报》报道了有2.4㎓的输送装置后（4月3日第一版），国防部又改口称“有0.9㎓的输送装置”。但是，国防部主张“这是用于操作无人机的或用在GPS上的”，“没有连接镜头和接收机的线，所以不可能输送影像”。国防部和军方在2010年天安舰被击沉事件发生后的初步应对也失败了，还提供过毫无关系的鱼雷设计图。有批判认为，国防部和军方这次也想像上次那样推卸防空网存在漏洞的责任，减少人们对事件本身的关注，结果接连出现失误。 　

部分媒体称无人机在青瓦台上空拍摄了照片，并在3日公开了照片。青瓦台甚至还立即出面指责相关媒体违反了法令。 　

青瓦台是安保设施，Naver或Daum等在线服务企业等提供服务时也在地图上删除了青瓦台。 　

青瓦台发言人闵庚旭当天会见了记者，表示“青瓦台出现在照片中，这违反了《国家安保目标设施管理方针》”，“照片绝对不能传播开来”。闵发言人表示“这有可能被敌军用于军事行动，所以希望大家把网络上的照片删除”，“对于违反管理方针一事，我们正在讨论可采取的措施”。 　

青瓦台还计划对相关媒体公开的照片是否与朝鲜无人机拍摄的照片一致进行调查。