在李明博总统离开独岛之后的8月10日下午5时左右，日本外相玄叶光一郞便给韩国外交通商部部长打电话表示抗议，重复了他一再的主张——“独岛是日本领土”。另外，据称日本当天将召回驻韩国大使武藤正敏。玄叶光一郞外相在当天早上曾要求韩国方面撤销对独岛的访问，金部长对此回答道：“正如日方所知，独岛在历史上、地理上、国际法律上都是韩国领土，不存在领土纷争是韩国一贯的主张。韩国政府正视历史，持续发展未来指向型的友好合作关系的基本方针没有变化。请日本政府也为两国关系的发展提供帮助。”

据称，10分钟的通话以冷漠收场。对于韩国和日本来说，独岛是无法妥协和折中的。庆南大学行政研究院教授李载永表示：“李明博总统的做法是说明（独岛）其在韩国的控制下，确认了独岛是韩国领土的事实，强调了独岛问题是不可妥协的问题。”

正如预想的一样，韩日关系又出现了结冰的征兆。因为日本即将进行选举，所以这种气氛可能将会更强。

另外，韩国下个月将在郁陵岛和独岛近海进行独岛防御联合演习。这是一个每年进行两次的定期演习，这个演习再加上李明博总统的访问独岛之行可能会使日本更加受刺激。
两国今年以来除了教科书等历史问题外，在推进集体自卫权、延长中国东海大陆架、东海标记问题等问题上不断发生冲突。因此专家们认为：“两国关系只有新政府上台之后才会有好转。”可以说就会像过去政府一样，在上台初期试图改善韩日关系，在任期末又使两国关系不顺畅。

但韩日关系也不是完全僵化，两国现在在经济和安保层面上有很多合作的余地。韩日自由贸易协定（FTA）协商即将重启，在朝鲜发生变化的时期韩日两国间的安保合作比任何时期都更有必要。所以有人分析两国关系不会像过去一样完全恶化。青瓦台相关高层在被问及“李明博总统的独岛之行是否会使韩日情报保护协定竹篮打水一场空”时表明“这是两件事”，划清了界线。

专家们认为，韩日两国对在各个领域进行调节轻重缓急的“多轨道”外交方面达成了默许性的协议。李载永教授表示：“日本的对外政策一直具有将政治、经济和社会领域分开处理的倾向。起初日本政府可能会因为国内政治理由强力反对，但本次事件不会使韩日关系全面恶化。”另外，国立外交院亚太研究部教授曹良炫（音）也表示：“韩国和日本在FTA和情报保护协定等问题上还有很多需要合作的部分。”