有分析指出，金正日去世后，朝鲜国家安全保卫部（简称保卫部，相当于韩国的国家情报院）已经全面进入了金正恩体制。保卫部是金正恩的直属组织，正控制金正日的吊唁氛围，并通过关闭市场等加强体制控制。保卫部同保卫司令部（相当于韩国的机务司）、护卫司令部（相当于韩国的警护处）一起构成了控制朝鲜社会的核心骨干。

12月25日，脱北者知识分子团体——NK知识人连带援引消息人士的话称“保卫部全面行动，监视参加哀悼活动的干部和平民的一举一动，现在连干部也极度紧张”。被派遣到所有政府机关、企业及各军队的要员正在监视哀悼期间参加追悼活动的干部和职员的态度。如发现有人存在不足之处，就会将此人带到保卫部并对其进行严格的追查。

专家们认为保卫部是支撑金正恩体制的核心组织。世宗研究所首席研究委员郑成长表示，“2008年因脑中风使得掌控力下降的金正日于2009年4月左右任命金正恩为保卫部部长，并让其监视精英群体”，“这是为了让金正恩在金正日去世后也能掌握精英群体”。这意味着金正恩通过保卫部的“情报政治”行使实权，今后也会是这样。

据分析，尤其是今年年初，当时掌握保卫部实权的柳京副部长被处决后，保卫部成为了支撑金正恩体制的核心组织。今年年初，受到金正日和国防委副委员长张成泽牵制的柳京被金正日叫到官邸，随即被捕并遭枪杀。

此后，获得金正日和张成泽一如既往支持的第一副部长吴东侧（音，69岁）掌握了保卫部。吴东侧出身于保卫部，在2009年4月的最高人民会议上罕见地被选为国防委员，同年9月升职为保卫部第一副部长，这和金正恩正式进入权力核心的时期相同。吴东侧于去年4月成为人民军上将（三星），一年后升职为大将，并被任命为了党政治局候补委员和党中央军事委员。

保卫部也深入参与了清除金正男势力的活动中，代表性的事件就是2009年4月的“牛岩阁（音）袭击事件”。牛岩阁是金正日长子金正男在平壤的根据地，每次来平壤的时候他就会居住在牛岩阁，并和亲信举行聚会。当时，保卫部官员突然闯入位于平壤中央大街中区站的牛岩阁，将金正男的亲信带走并进行调查。金正男接到接受调查后出来的亲信的联络后，逃亡到了新加坡。此事件为金正男和金正恩的权力斗争画上了句号。