日本正平静地接受美国将朝鲜从支持恐怖主义国家名单中除名的举措。对于日本过去一直要求解决人质绑架问题和积极反对从支持恐怖主义国家名单中除去朝鲜的立场来说，这是极大的转变。

日本首相福田康夫26日表示：“为使无核化得以实现，我们从现在开始将对朝鲜核计划进行彻底的检查和验证。”对于“美国此次的举措将使人质绑架问题的解决变得困难”的批评，福田首相说：“我完全不这样认为。”他强调，对话将持续进行下去。

对于朝鲜的核计划申报，日本官房长官町村信孝也说：“这是实现朝鲜放弃核武器的最终目标的第一个阶段。作为六方会谈的一员，日本也将参与到检查和验证的工作之中。”他同时还说：“尽管美国已开始了将朝鲜从支持恐怖主义国家名单中除名的程序，但美日之间围绕朝鲜问题的合作关系将不会有任何变化。”

这一态度被认为反映出日方做出了“美国将朝鲜从支持恐怖主义国家名单中除名不可避免”的判断，并将最小化此事对未来美日关系和朝日协议可能产生的消极影响。取而代之的是，日方将向美国提出强烈呼吁，要求美国政府在向议会通报之后、除名正式生效之前的45天里，积极督促朝鲜实现其曾经承诺的对人质绑架问题的再次调查。

六方会谈的日方首席代表、日本外务省亚洲及大洋洲局局长齐木昭隆26日与美国助理国务卿克里斯托弗·希尔就此问题进行了协商。日本外相高村正彦也向美国国务卿康多利扎·赖斯说明了日本政府的既有立场，并一再请求美国在人质绑架问题上予以配合。此外，在下月将于日本北海道道爷湖举行的西方八国（G8）扩大峰会上，人质绑架问题也将被作为大会议题。

但是，《朝日新闻》、《日本经济新闻》等日本媒体批评，日本政府有可能会因为这一次的举措，丧失能够使人质绑架问题的解决取得进展的向朝鲜施压的主要筹码。因为，在朝日之间尚未就再次调查人质绑架问题的方法和程序达成协议的情况之下，如果朝鲜得以从支持恐怖主义国家名单中除名，无法排除其对再调查进行拖延的可能性。美国总统乔治·W·布什26日在记者招待会上承诺：“美国绝对不会忘记朝鲜绑架日本人质的问题。我们将持续与日本进行紧密合作，为使人质绑架问题得到迅速解决而向朝鲜施加压力。”