朝鲜于26日提交的核计划申报书足有60余页，其中纪录了自上世纪80年代开始朝鲜启用宁边的五兆瓦核反应堆及再处理设施制造出的钚的数量以及核设施的现状等内容。但是，报告书中漏掉了在今后针对朝鲜核问题的协商中将成为最大争论焦点的资料，即朝鲜究竟拥有多少枚原子弹。不仅如此，核武器的制造设施和核试验场详细纪录自不用说，连这些设施的所在地也没有被包括在申报书中。朝鲜对此给出了“军事机密”的理由。

美国情报当局认为，朝鲜或许已制造并拥有了八个左右的核武器。将核武器以及相关设施从核申报对象中排除，这样的做法源自于朝鲜强硬的抗拒立场。尽管如此，有观察认为，通过申报书中记载的钚的用途，还是能够推测出朝鲜制造核武器的数字。

韩国和美国等相关国家的立场是，六方会谈如果进入最终阶段即第三阶段，核武器的废弃当然应该被包括在讨论范围之中。美国国务卿赖斯也说：“核武器本身将成为第三阶段的议题。”这种立场的根据是朝鲜曾签署过2005年的“9·19共同声明”，其中曾承诺将“放弃一切核计划与现有的核计划”。

但是，有许多观察认为，朝鲜的打算恰恰相反。

朝鲜有可能抛出这样的主张：“通过2006年10月的独立的核试验，朝鲜成为了‘核拥有国’，这一因素使事情发生了改变，因此有必要进行新的协商。”第三阶段的协商如果被局限于废弃宁边核设施和钚，朝鲜终将追求国际对其“核拥有国”地位的承认。此外还有预测认为，即使关于核武器废弃的协商得以展开，也将是朝鲜与美国关系正常化之后的事。

去年，六方会谈达成了“2·13协议”。六方会谈的朝方首席代表、朝鲜外务省副相金桂冠当时曾说：“如果未来美国终止敌视朝鲜的政策、朝鲜不再感觉存在任何的核威胁，我们将不再有必要拥有哪怕一件核武器。在这样的条件成熟之前，会谈不能将核武器问题作为讨论的对象。”尽管美国要求朝鲜只能从“朝美关系改善”和“核武装”中二者择一，但看起来朝鲜可能想要二者兼得。

针对核武器的问难终将在第三阶段协商的某个时间点上浮出水面。协商如果陷入僵局，将不能排除朝鲜通过进行二次核试验等举动再次造成危机局面的可能。