有人怀疑在奥萨玛·本·拉登(Osama bin Laden)被击毙前，巴基斯坦政府对其进行了保护，明知其藏身之处却假装不知道。本·拉登的藏身地在距巴基斯坦首都伊斯兰堡60公里的阿伯塔巴德（Abbottabad）某处3层住宅内，附近军事设施集中，是受到治安当局严密监视的地方。美联社（AP）5月3日报道，专家认为巴基斯坦情报机构不可能不知道住在这非同寻常的大住宅里的外国人。

即便不是这样，巴基斯坦政府也被怀疑一直在背地里与阿尔盖达或塔利班政府进行交易。专业泄密网站维基解密（Wikileaks）引用美国政府的机密文件称：“ISI（巴基斯坦军情报局）在10逾年间一直保护本·拉登”，“美国逮捕本·拉登屡屡失败的原因在于他们事先告知了本·拉登美军的行动”。

美国政府曾公开提出巴基斯坦政府保护本·拉登一说。当地时间本月2日，美国白宫负责反恐的助理国务卿约翰·布雷诺（音）称：“没有巴基斯坦政府的支援，本·拉登不可能在那里停留那么长的时间。”

美国在进行击毙本·拉登作战之前没有事先通报巴基斯坦政府也正出于这样的担忧。美国《华尔街时报（WSJ）》当日称：“各界纷纷提出为什么美国单独进行击毙本·拉登作战的质疑。”

此次作战是在美国与巴基斯坦关系最恶劣的时候进行的。巴基斯坦军部对美国总统奥巴马在美军撤离阿富汗驻军后仍然表示设立永久性基地的计划十分反感。因为巴基斯坦担心自己在战略要冲阿富汗的影响力下降。巴基斯坦支援塔利班的举动也是为了扩大其再阿富汗的影响力。最近，美军不顾巴基斯坦的反对，持续在与阿富汗相邻的边境地带对塔利班进行无人机空袭，这也使得两国关系恶化。

另一方面，巴基斯坦总统扎尔达里（Asif Ali Zardari）3日强烈反驳了巴基斯坦政府保护本·拉登一说，主张称“我妻子【巴基斯坦前总理贝娜齐尔·布托（Benazir Bhutto）·2007年死亡】就是被塔利班一党杀害的”。