ISI是军方出身掌握政权的巴基斯坦最高权力机关国防部的下属机构，拥有直接向军参谋总长报告的指挥系统。曾是本·拉登藏身处的阿伯塔巴德（Abbottabad）是北部情报局管辖。据悉，负责塔利班和克什米尔（Kashmir）问题的北部情报局对于藏身处和本·拉登是否还活着提供了最终情报。
ISI在20世纪80年代前苏联进攻阿富汗时训练阿富汗游击战士，援助心理战。当时ISI向伊斯兰世界散步讯息称“伊斯兰陷入了危险。阿富汗对前苏联的抵抗是圣战”，争取了援助。
在1994年在巴基斯坦境内的难民营组织塔利班进行训练和1996年在阿富汗建立塔利班政权上，ISI也起到了推波助澜的作用。由于这样的关系，ISI构建了与塔利班相连的稳定人脉。2001年9·11恐怖事件之后，美军进行阿富汗战争，与巴基斯坦展开联合情报行动。因为虽然美军通过全球鹰（Global Hawk）和军事卫星等最新侦察设备可以获得信号、影像情报，因为具有决定性的情报必须依赖于人际关系。
ISI还在阿富汗政策上与美国展开了看不见的竞争。尤其是 ISI展开了最大资产的双重手段，也曾与美国的反恐战争发生了冲突。专门泄密网站维基解密（Wikileaks）曝光称：“2007年美国当局将ISI归为了为达成与基地组织和塔利班的共同目标而结成援助关系的国际恐怖组织。”
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