政府应付口蹄疫用的“说明书（标准应对要领）”和病疫调查方式是问题的根本。落后于时代，也不能反映现实，即使那么照着做，不但不能防止口蹄疫，甚至还会向全国扩散。如果不赶紧修改说明书，还有可能发生第二次第三次的流行病（pandemic·传染病急速扩散）。

截至1月25日，掩埋处理的家畜增加到了262万5553头。仅此一项的补偿费就有1万7387亿韩元。政府推算出，给防疫哨所的运营和消毒药等费用等支付给各个地方自治团体的费用合计起来肯定超过3万亿韩元。

1月25日，国立兽医科学检疫院疾病防疫部部长朱二石说：“在安东口蹄疫发生后公开确认的前10天，已经在京畿道地区确认了已被感染的事实。尽管说明书上有很多不足，仍然只是按照说明书去做，京畿道地区放置感染家畜一个月以上的举动便是扩散到全国的原因。”现行的说明书上规定只要出现疑似症状，就得对500米范围内的家畜进行深埋处理，限制半径10公里内的人和车辆。但是，在感染后到症状出现为止最长达2周的潜伏期里，根本没有针对该防疫带可能向别的地区扩散的可能性制定对策。应该通过精密的防疫调查，追踪感染的途径，但是没有车辆和人的通行记录，仅凭记忆去做，所以几乎不可能对事前阻止传染疫情起到帮助。

疫苗接种也只是按照说明书消极地统一进行，因而错过了时机。农林水产食品部食品产业政策室长李相吉（音）表示“将制定新的说明书，以防止出现类似的问题”。

随着受灾金额像雪球一样越滚越大，准备追加财政支援也变得急迫起来了。农食品部为应对家畜传染病确保的预算是1030万亿韩元，但是已经都用完了。为此，正在使用政府储备的应急费2万7000亿韩元。这笔钱还得用于其它灾害的重建。