韩国总统尹锡悦28日表示，“无论朝鲜作出何种挑衅，都要切实进行惩戒和报复。这是最有力手段”。据韩总统室宣传首席秘书官金恩慧透露，尹锡悦当天取消了原定午餐日程，在与参谋班子举行的会议上做出了上述发言。尹锡悦还强调，“不要因朝鲜拥有核武而有所顾虑”。29日，尹锡悦将访问国防科学研究所。
分析称，这是尹锡悦总统作为国军统帅，在切断朝鲜无人机入侵引起的国防不安的同时，向朝鲜释放强烈警告信号。而韩总统室破例提前公开尹锡悦为检查军队监视和拦截系统并听取汇报而前往国防科学研究所的日程，也是出于同样的原因。
韩总统室高层官员表示，“(当天的发言)用一句话来概括就是‘再怎么强调守护国民的生命和财产安全的国防重要性，也不为过’”，“这意味着，作为总统，为守护国民的安全和生命，将采取一切力所能及的措施”。该官员还表示，“(从应对层面出发)向朝鲜派遣无人机是用于压制敌人的长矛”，“这反映了尹锡悦总统作为国家首脑的决心，将不惜承受原点打击和扩大战争的危险，守护国民安全”。当被问及是否会因为军方应对不力而对国防部长李钟燮等军方内部进行问责时，该官员仅表示，“尹锡悦总统强调了军队要具备更坚实的应对态势、并为国民切实树立好纲纪，而至于更具体的内容暂时不便透露”。
目前韩总统室内外，认为朝鲜接连挑衅导致《9·19军事协议》成一纸空文的看法甚嚣尘上。韩总统室官员表示，“九一九军事协议规定双方空军不能进行侦察活动，如今违反该规定已成为常态，这不是正常情况”，“在当天的会议上，主要讨论了违反九一九军事协议的问题”。但该官员明确表示，这并不意味着因朝鲜作出一系列挑衅就要废弃尹锡悦总统对朝提出的“大胆构想”。韩总统室高层官员表示，“如朝鲜采取象征性措施，我们将提供必要援助”，“但若朝鲜违背九一九协议精神，还让忍耐其威胁到我们国民安全的挑衅行为，那便是屈从之举”。也就是说，大胆构想和对武力挑衅进行惩戒是两码事。
韩总统室还公开表示，在朝鲜无人机侵入领空的26日，尹锡悦总统指示“派两架、三架回击”等嘱咐进行彻底应对，但因军队准备态势不足而大怒。28日接受记者采访的韩总统室高层官员表示，“朝鲜无人机刚开始侵入领空时，尹锡悦总统表示‘我们不是也有无人机吗？立即对朝鲜实施反制措施。若飞来了一架，我们就派遣两架或者三架’予以回应”。尹锡悦还下达指示称，“若有必要将其击落，就尽可能设法采取相关措施”。
然而，实际负责指挥的是韩国联合参谋本部。目睹当时情况的韩总统室官员表示，“起初还感到郁闷，在想“为什么不能尽快将其击落”，但后来稍微能理解了”。实际上，用军方“大炮打苍蝇”的比喻来说，要追踪并击落翼展为1.8米的无人机并非易事。据称，复合防空雷达等无法捕捉到小型无人机，而用肉眼识别时，无人机飞过的地方有公寓园区，担心会对民众造成损害，所以无法射击。韩总统办公室高层官员表示，“从这个角度来看，无人机可以说是不对称战略”。
无人机侵入领空的第二天(27日)上午，韩国国家安保室长金圣翰主持召开了紧急安全情况检查会议，国防部长李钟燮、联合参谋本部议长金承谦、联合参谋本部作战本部长姜信哲(音)等人检查了与侵入领空有关的事项。当时韩军方虽然出动了空军战斗力，但KA-1轻型攻击机坠毁等，让人束手无策。
临近国务会议开始时间的10时30分，金圣翰室长和李钟燮部长分别向尹锡悦总统进行了当面汇报。当时尹锡悦强烈指责道，“国防部和军队到底干了些什么”，对此韩总统室高层官员使用了“大怒”一词。该官员表示，“尹锡悦总统对军队给予了无限信任，军队却辜负了这一信任。尹总统对训练不足、纲纪松懈的部分进行了强烈指责，并要求予以完善”。
