韩日两国于1998年签订的《新日韩渔业协定》再次成为批判的对象。该协定规定独岛位于韩日两国的“中间水域”，为日本对独岛拥有所有权的主张制造了借口。

韩国和日本的专属经济水域（EEZ）本限于自海岸向海中延伸12海里（约22.2公里）这一范围。相关国家在EEZ内可以独自享有进行捕捞和海洋开发的权力。可是，1994年，联合国规定各国的专属经济水域为自海岸向海中延伸200海里（370公里）的水域，问题也自此产生。韩国和日本相距过近，如果采用200海里的规定的话，专属经济水域将相互重叠。

该协定缔结以后，针对该协定的批评就集中在“韩国的专属经济水域以郁陵岛而非独岛为起点”这一点上。并且，韩国政府从“地理位置上的中间”出发，把独岛附近海域称作“中间水域”，而日本则从“难以判断属于哪国领土”出发，称其为“暂定水域”。韩国政府解释道，独岛虽然位于中间水域，但由于独岛是韩国领土，所以日本渔船不得在独岛附近海域进行捕捞作业。可是，该解释并没有在协定中做出明文规定。

该协定的第15条为“本协定所有规定，除渔业相关事项以外，有关国际法上的问题不应与两国立场相抵触”，这一内容也引起了批评。韩国政府解释道，因为有了该条款，渔业协定和领土所有权无关。可是也有专家批评道，该条款是对日本主张拥有本属韩国领土的独岛的纵容。

韩国政府的态度是慎重的。因为，如果废除渔业协定，将能够阻止日本将独岛塑造为纷争地区的意图。此外，韩国可以把有“东海黄金渔场”之称的大和堆水域的一半包含在中间水域之内，会收获不小的经济利益。