人权观察组织亚洲地区副局长菲尔·罗伯特森表示，“朝鲜司法体系极端残忍，(两名船员)可能会遭到酷刑，将他们送返朝鲜，是违反国际法的非法行为”，“韩国应对两人的嫌疑进行彻底调查，给他们充分的机会对遣返提出异议”。对于韩国政府所谓“遣返的朝鲜船员属于残忍的犯罪人员，不属于国际法规定的难民范畴”等立场，人权观察组织表示，“虽然不属于难民相关法律的保护对象，但在人权法上，无论是不是难民，都禁止将他们送回可能遭受酷刑的国家”，“韩国也是联合国《禁止酷刑和其他残忍、不人道或有辱人格的待遇或处罚公约》即《联合国反酷刑公约》的缔约国”。《联合国反酷刑公约》第三条规定，不得将任何人驱逐、推回或引渡至可能遭受酷刑危险的国家。
人权观察组织还表示，“韩国宪法第三条的适用范围包括整个韩半岛，因此韩国当局可以用犯罪嫌疑对(朝鲜船员)两人进行起诉”。韩国宪法第三条规定，“大韩民国的领土包括韩半岛及其附属岛屿”。
面对持续不断的争议，韩国政府表示，“朝鲜居民在调查过程中承认犯有罪行，他们虽然有意归顺韩国，但两人的情绪非常不稳定，如果将他们放回社会，很可能会再次做出犯罪行为”，重申了官方立场。
但是，政府将很难避免自找麻烦的批判。因为政府采取流放这样一种史无前例的措施，尝试在国民不知道的情况下“悄悄遣返”两人，并同时将两人乘坐的木船送还朝鲜，因而便失去了足以向国民和国际社会说明情况的“物证”和“陈述”。
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