1月17日，韩国国防部就韩日雷达瞄准事件分歧召见了日本驻韩武官并进行了强烈抗议。前一天，日本防卫省表示韩方公布了错误的信息，并在防卫省召见韩国驻日本大使馆武官进行抗议。

韩国国防部发言人当日表示，“韩方发言人在有关工作会议的记者会上公布的都是准确无误的事实，韩方对日本媒体违反在两国间会议结束前不进行报道的事前协议表示严正抗议，要求日方防止此类事件再次发生”。

韩国国防部提及的工作会议是指14日在新加坡举行的韩日将军级工作会议。在当日的会议中，两国对12日在东海上发生的韩日两国巡逻机威胁飞行及雷达瞄准事件进行了讨论。韩方认为当时日本的巡逻机(P-1)进行了低空飞行等具有威胁的飞行，而日方则主张韩国的广开土大王舰瞄准P-1发射了火控雷达。

对于工作会议，韩国国防部在15日表示，“(事件发生当时)韩国船员感受到了威胁，并且日方也认可其中一部分说法”。对此，日本防卫省表示，“日本的P-1没有进行威胁飞行，在新加坡举行的面对面协商上也从未承认过这一点”，并且召见了韩国驻日本大使馆武官进行了抗议。