9日是朝核问题六方会谈的第二天，各方代表当天以会谈主席国中国提出的草案为基础，对核验证议定书的制定进行了集中讨论。会谈各方在相当程度上就曾经争论的焦点——核设施的样本采集问题达成了一致，但韩国、美国及日本等国在核验证的主体和对象等问题上与朝鲜仍存在分歧，协议的制定也因此推迟到了10日。

六方会谈全体会议于9日上午9点50分开幕，各方代表随后传阅了由中国起草的长四页的核验证协议草案。会议主席、中国外交部副部长武大伟宣布休会后在另一会议室依次与其余五国代表进行了单独协商，听取了各方对草案的意见。

尽管草案内容没有向外界公布，但据了解，草案中包括了一项折衷方案，内有为曾经争论的焦点——核设施样本采集进行实质性担保的内容，而非对此问题进行直接叙述。日方代表齐木昭隆表示“草案中有与‘样本采集（Sampling）’十分接近的单词”。面对记者“草案是否反映了科学的验证步骤和样本采集等美方的要求”的提问，美方代表、美国国务院助理国务卿克里斯托弗·希尔的回答也是“可以这么说”。

与六方会谈7日协商的验证原则相比，当天提交的草案更加具体化。7日，各方在会谈中就以下条件达成了一致：由六国专家组成验证团，验证内容包括考察设施、检查文件、采访技术人员等，欢迎国际原子能机构的咨询和帮助。不过，朝鲜和其余各方在国际原子能机构的参与程度上仍存有分歧。对于具备高度专业性的国际原子能机构所主导的“国际标准”的验证，朝鲜抱持否定性的立场。此外，对于美国等国家对草案中注明朝鲜将最终回到《不扩散核武器条约》体系的期待，朝鲜预计将做出强烈反弹。

本次会谈中，作为主席国的中国的斡旋和至今为止在朝美之间保持中间立场的俄罗斯的作用相当重要。俄罗斯坚持国际原子能机构的作用和国际水平的核验证的必要性。一位会谈相关人士指出：“中俄两国基本赞同韩、美、日在核验证方法上的立场。”综合来自相关人士的信息，尽管目前六方在样本采集等问题上基本形成了“五对一”的局面，但除朝鲜外的五国的态度也各自存在微妙的差异。因此，与韩、美、日的强势压迫相比，中国能够在多大程度上进行积极的斡旋、俄罗斯能够在多大程度上有效地说服朝鲜，这两大因素将决定六方会谈的成败。