朝核协商遇到了样本采集这一障碍，又一次陷入了危机。朝鲜通过11月12日下午公布的外交部讲话，将美国等六方会谈相关国家采集朝核设施样本的要求指定为侵犯主权。美国对此的立场也相当强硬，因为美国将样本采集看作是表明朝鲜过去核活动的决定性验证手段。韩国政府也把不采集样本的验证看作是隔靴搔痒，认为样本采集是不能跳过的，这是绝对不能让步的底线。

多方之所以纠缠于样本采集是因为，这是证明朝鲜核报告书与长达1.8万页朝核设施启动日志真伪与否的最切实的方法。

美国助理国务卿克里斯托弗·希尔于上月初和朝鲜议定了长达3页的验证协议，但这份协议上用了“科学的程序”这种概括性的用语。美国一直将样本采集明确记载在正式的验证计划书上，看作是下一次六方会谈的主题。

然而，朝鲜从上个月美国将其从“支恐国家”中剔除后，在样本采集上的立场又变得消极。“科学的程序”这种抽象的用词给事后意见分歧留下了余地，是整起事件的根源。

六方会谈主席国中国想在上月18日召开六方会谈，但是遭到韩国政府的反对也是同样的原因。朝鲜在样本采集上的态度变得消极，但韩国政府没有能向其施压的良好策略，所以韩方反对提早召开六方会谈。

对于朝鲜的意图，多数人的意见是：“朝鲜的做法放出了这样一个信号，那就是消除‘支恐国家’之名是与布什政府之间已经结束的协商，奥巴马新政府上台后朝鲜将与新的伙伴开始全面协商。”问题是巴拉克·奥巴马对验证朝核设施的立场十分坚定，他不会因为朝鲜坚持不进行样本采集就会乖乖让步。