在天安舰沉没之后，青瓦台进入到超级紧张的状态当中。29日，李明博总统参加了韩国与刚果政府的首脑会晤，但是满脑子一直想着白翎岛周围的那片海域。在首脑会晤举行之前，李明博总统对青瓦台首席官员表示：“ 将继续采取非常体制。”青瓦台发言人金恩慧表示：“已经启动了常时检验体制，保证李明博总统随时都能够从国家危机情况中心接收到与天安舰事故相关的报告。”

天安舰沉没之后，李明博总统四次召集了安保界长官会议，这是本届政府第一次针对一件事情四次召开同级别的会议。李明博总统在每一次会议时均表示“我彻夜思考……”，对于失踪者救援的可能性以及事故原因提出了疑问。一位与会人士表示：“李明博总统像发射连珠炮一样提出了很多问题。”这番话说明李明博总统对于本次事件的反应十分敏感。

26日晚上，李明博总统对于部长们下达了好好展开“内部管理”的命令。他认为公务员的纲纪决不能继续涣散下去了。李明博总统对于下属机关特别多的部分部长表示：“请通报下属的公共企业社长们。”一位要求匿名的政府相关人士表示，李明博总统还要求外交阵线“向G20峰会的主席国详细地解释情况”。

29日，青瓦台方面得到了搜查队接近天安舰船尾的消息之后也十分紧张，担忧无法找到生还者。青瓦台相关人士担心，如果本次事故的原因与朝鲜有关，那么可能导致韩朝关系紧张，而如果是韩国内部的问题，那么就难以避免公众对于军队纲纪的批判。无论哪一种结果都十分令人难受。李明博总统在得到船尾被发现的报告之后下令称：“总动员人力与装备”，“不能放弃寻找生还者的希望”。他同时还指示：“必须进行彻底搜查，不留下任何一点疑惑。”

在这种情况下，韩国政府推迟公布事故原因。与此同时舆论中出现的“阴谋论”刺激了李明博总统以及青瓦台参谋人员的神经。28日，有报道称对于事故状况韩国国防部与海洋警察的解释有所不同。一位政府高级人士勃然大怒，他表示：“我们没有隐瞒什么，我们恨不得把心挖出来给大家看。”有报道提出“可能是由于遭受朝鲜水雷打击而沉没”，对此另一位参谋反应强烈，他表示：“为什么要归到朝鲜身上”，“如果今后发现这不是事实怎么办？”