据悉，尹锡悦新政府将维持文在寅政府的政策方向，继续对日本福岛核电站污水排海问题予以强力应对。韩国现任政府一直对日本核污水处理计划表示遗憾称，“深表忧虑”。日本计划从明年开始用30年时间将核污水排入大海。
3月29日，据韩国政府和总统职务交接委员会透露，韩国海洋水产部在25日的交接委员会工作报告中，重点报告了尹锡悦候任总统在水产领域的承诺履行计划。据悉，报告内容还包括福岛核污水排海应对方案。例如，加强对进口水产品的放射线检查和原产地标识等流通履历管理，扩大餐厅原产地标识对象品种等。
目前，韩国政府全面禁止进口福岛县附近日本海域捕捞的水产品。去年日本公布核污水排放计划后，韩国政府立即指出，“对于日本政府在没有事先与韩国政府协商并寻求谅解的情况下，单方面推进核污水排放计划，再次表示遗憾”，“日本应该立即停止对海洋环境和国民安全加以危害，并立即终止单方面推进太平洋沿岸国家等国际社会深切担忧的核污水排放计划”。
交接委员会相关人士表示，“我们已收到日本水产品进口等福岛核污水排放相关报告”，“我们将以现任政府的政策为基础，探讨今后新政府的政策方向”。尹锡悦候任总统在竞选时期曾做出承诺，“应该让国民放心消费水产品”。
此前，外交部也向交接委方面转达了对日外交政策方向。韩国政府相关人士表示，“虽然有预测认为下届政府在历史、出口限制、韩日军事情报保护协定(GSOMIA)等议题上，会让韩日关系得到改善，但福岛核污水问题依旧是国民非常担心的话题，因此下届政府的基调应该不会发生变化”，“虽然交接委表示的遗憾程度、措辞和表述可能与现任政府有所不同，但政府的基本立场应该会保持一致”。
下届政府的苦恼是，目前韩国政府正在探讨加入日本主导的全面、渐进的跨太平洋经济伙伴协定(CPTPP)的方案。韩国农水产业界观测认为，日本有可能以加入CPTPP为由，要求韩国允许进口福岛水产品。2月，台湾为加入CPTPP，应日本的要求重新进口了福岛产食品。
韩国国会农林畜产食品海洋水产委员会所属的共同民主党议员本月25日通过共同声明表示，“反对单方面推进威胁国民健康权利的CPTPP”。本月11日，市民团体举行“阻止日本排放放射性核污水的共同行动”，并敦促尹锡悦候任总统称，“日本以加入CPTPP为前提要求韩国进口福岛农、水产品，而针对这些来自日本的压力我们应该按照原则坚决表达反对立场”。
日本宣布开始排放核电站核污水的时间是明年春天，因此下届政府也可能会在今年内向日方转达正式立场。28日，尹锡悦候任总统在首尔钟路区通义洞交接委员会办公室接见了日本大使相星孝一。尹锡悦表示，“韩日两国是共享安全和经济繁荣等多个合作议题的伙伴”，“为克服最近韩日关系的僵持局面，有必要以正确的历史认识为基础，构建面向未来的合作关系”。
