10月12日，文在寅总统下令检方和警方彻查大庄洞事件。文总统的命令下达四小时后，检方立刻以玩忽职守、侵吞资产和行贿嫌疑对大庄洞开发项目的执行公司、火天大有资产管理公司(简称火天大有)的大股东金万培(音，57岁)申请了逮捕令。
青瓦台发言人朴炅美介绍称，文总统在当日下午作出指示“希望检方和警方能够积极合作，迅速彻查大庄洞事件，尽全力早日查明真相”。此前青瓦台曾对大庄洞事件表示“严重关切”(10月5日)，这是文总统首次亲口就此事件作出指示。对于这一情况，青瓦台核心相关人士对记者们表示，“文总统在当日上午的会议上亲口做出了相关指示”，“可能认为现在的情况需要亲自出面表明态度”。
在文总统作出这一指示的两天前，李在明刚以50.29%的得票率在共同民主党总统候选人党内竞选中脱颖而出，成为该党的最终候选人。有分析认为，文总统此时做出指示，是有意等待党内候选人的竞选结果。深谙青瓦台内部情况的某执政阵营高层相关人士表示，“文总统可能担心在竞选结果之前作出指示会落下干涉竞选之嫌，因此故意等到竞选结束之后”，“这虽是文总统第一次公开表态，但在此之前，文总统已经多次对内谈及此事，认为需要彻查清楚”。
该相关人士说，“大庄洞事件发生后，对于把大庄洞开发项目宣传成‘檀君以来最强治理业绩’的李在明候选人，文总统确实曾感到担忧”，尤其是在李候选人的亲信、前城南城市开发公司企划本部长刘东圭(音)被逮捕后，文总统曾说“事件已经演化成司法案件，如果仍打算继续通过政治辩解掩盖过去，可能会导致大选无法正常举行”。不过，文总统当日在下令彻查真相时明确调查的主体是“警察和检察”。
大庄洞事件民调：56.5%认为是“李在明的责任”，34.2%认为“国民之力党的责任”
这与在野阵营要求成立特案检察组以及一些人要求成立联合调查本部调查此案的主张明显不同。
文总统下令彻查大庄洞事件后，李在明候选人方面表示，“此举反而是在帮李候选人”。李候选人方面的核心人士说，“正是因为李候选人始终在此事上表现得非常坦荡，青瓦台才能下令迅速彻查”。执政阵营也有看法认为，调查机关介入调查，实际上是在为李候选人减轻压力。
执政阵营的相关人士说，“今日总统释放的信息重点在于‘迅速调查’”，“应该是希望大选政局能够早日摆脱大庄洞事件的影响”。
相反，在野党则认为文总统这一命令相当于拒绝成立特案检察组，做出了强烈反对。国民之力党院内代表金起炫表示，“文总统此举等同于变相无视了要求成立特案检察组的大多数国民舆论”，“相当于亲自包庇这场檀君以来最大规模的开发腐败案件”。
民调机构“WinGKorea咨询公司”受《亚洲经济》的委托于10月9日~10日面向全韩国1023名18岁以上居民进行问卷调查的结果显示，56.5%的应答者认为大庄洞事件的责任“很大程度应由当时负责项目设计并对城南城市开发公司拥有指挥权的李在明知事承担”，34.2%的应答者表示“阻止国有企业参与项目开发的当时执政党、也是城南市议会的多数党国民之力党应负严重责任”，9.3%应答者表示“不清楚”。本次民调的置信区间为95%，样本误差±3.1个百分点(详细内容见中央选举民调审查委员会官网)。
